ABOUT THIS RECORDspecies: Brachypodium distachyon
source: miRBase, original name: bdi-MIR5166 (MI0018133)
Taxonomy by NCBI:
Brachypodium distachyon Brachypodium Brachypodieae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGCCCACCAGGGTTCGATCCA miRNA* GATCGGACCCTGGTGTGCAGC mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTTCCTGATCGAGAACCGAGCTTAGCTTGGGTGGTTAGCCCAGCGAGGTATGTTGGCTGCCCACCAGGGTTCGATCCAACAAGGTCGCATTCTATATAAA
TAATTTTCGTAAGGTGAGGCACCAAAATGCAATCCAATCACGCCTCTCCTACAAATATATATCTATAATTTTGTAAGGTGAGGCACCAGAATGCGACCCA
ATCACGCCTCTACTACAATATGTATATAATTTTCGTAAGGTGAGGCGCCAGAATGTGACCTTGTGGGATCGGACCCTGGTGTGCAGCCAGCATACCTCGC
TGGGCTAACCTAACACCCAAGCTGAGCTCAGTTCTCTTCT
dot-bracket secondary structure
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[1] Baev V, Milev I, Naydenov M, Apostolova E, Minkov G, Minkov I, Yahubyan G, Genomics. [Epub prior to print](2011)., "Implementation of a de novo genome-wide computational approach for updating Brachypodium miRNAs"
TTTCCTGATCGAGAACCGAGCTTAGCTTGGGTGGTTAGCCCAGCGAGGTATGTTGGCTGCCCACCAGGGTTCGATCCAACAAGGTCGCATTCTATATAAA
TAATTTTCGTAAGGTGAGGCACCAAAATGCAATCCAATCACGCCTCTCCTACAAATATATATCTATAATTTTGTAAGGTGAGGCACCAGAATGCGACCCA
ATCACGCCTCTACTACAATATGTATATAATTTTCGTAAGGTGAGGCGCCAGAATGTGACCTTGTGGGATCGGACCCTGGTGTGCAGCCAGCATACCTCGC
TGGGCTAACCTAACACCCAAGCTGAGCTCAGTTCTCTTCT
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
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HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Baev V, Milev I, Naydenov M, Apostolova E, Minkov G, Minkov I, Yahubyan G, Genomics. [Epub prior to print](2011)., "Implementation of a de novo genome-wide computational approach for updating Brachypodium miRNAs"
